در کتاب معارف قرآن، محمدتقی مصباح یزدی به دسته بندی موضوعی آیات قرآن کریم پرداخته است که این مجموعه از جمله آثار ابتکاری و بدیع ایشان محسوب می شود. حضرت استاد در آغاز ضمن تأکید بر لزوم گنجاندن درس تفسیر در مجموعه دروس اصلی حوزه علمیه، از مرحوم علامه طباطبایی، در مقام پیشگام و پرچم دار تدریس و نگارش تفسیر در حوزه تقدیر می کنند و ارائه یک دوره کامل تفسیر را به منزله متن درسی، نامیسر می شمارند و همچنین انتخاب بخش هایی از تفسیر قرآن را نیز ناکافی و غیرمفید می دانند، و دسته بندی موضوعی آیات را تنها راه ممکن و مفید می بینند. البته این دسته بندی می باید با نظم منطقی و بیانی متناسب با کتاب درسی عرضه گردد.
در زمینه دسته بندى موضوعى آیات قرآن کریم نیز استاد طرحى بدیع و ابتکارى را پیشنهاد مى کنند که در قیاس با طرح هاى سابق که آیات را بر محور «عقاید، احکام و اخلاق» یا بر محور «انسان و ابعاد وجودى او» دسته بندى می کردند، امتیازات چشم گیرى دارد. در این طرح، موضوعات آیات مورد بحث، بر محور «اللّه» که هستى بخش همه کائنات است، دسته بندى شده، و با الهام از آیه شریفه أَنْزَلَ مِنَ السَّمَاءِ مَاءً فَسَالَتْ أَوْدِیَةٌ بِقَدَرِهَا...، بحث از نقطه معینى آغاز مى گردد و پس از تکمیل آن در هر مرحله، به ترتیب به مراحل پایین تر ـ که در طول یکدیگرند ـ مى رسد، و در نتیجه ارتباط منطقى میانِ هر مبحث با مبحث قبل برقرار مى شود. بر این اساس موضوعات مورد بحث در دروس تفسیر موضوعى حضرت استاد به ترتیب ذیل است:
1. خداشناسى: این بخش با بحث در زمینه شناخت خداوند آغاز مى شود و به بحث درباره کلیات و تفاصیل افعال الهى خاتمه می یابد.
2. جهان شناسى: خلقت جهان هستى، یکى از افعال الهى است و از این جهت مباحث این بخش با بخش قبلى ارتباط مى یابد، و به اینجا مى رسد که خلقت همه پدیده هاى جهان، مقدم بر خلقت «انسان» به منزله شریف ترین مخلوق خداوند بوده است
.3انسان شناسى: در این بخش اثبات مى شود که انسان موجودى تک بعدى نبوده، زندگى او در دنیا مقدمه زندگى اخروى است، و او در این سیر نیازمند راه و طریق وصول به کمال و جاودانگى است.
.4راه شناسى: در این بخش، سخن بر سر شناخت راه درست وصول به سعادت آدمى است. این موضوع به مباحث رسالت و نبوت و امامت تسرى مى یابد و به این ترتیب با بخش بعدى مرتبط مى شود.
5. راهنماشناسى: صفات و ویژگى هاى راهنمایان طریق هدایت و چگونگى هدایت آنان موضوع این مبحث است. حلقه اتصال این مبحث با مباحث بخش بعد، طرح بحث کتب آسمانى پیشین است که به قرآن شناسى مى انجامد.
.6قرآن شناسى: این بخش قرآن را از زبان خود قرآن معرفى مى کند و از آنجا که در این بخش از تزکیه و تعلیم، به منزله هدف قرآن سخن به میان آمده، زمینه بحث تزکیه و انسان سازى قرآن فراهم مى آید.
.7اخلاق یا انسان سازى قرآن: در این مقام دیدگاه هاى اخلاقى قرآن تبیین مى گردد و ثابت مى شود که عبادت و بندگىِ خدا، تنها اکسیر انسان سازى است.
8. برنامه هاى عبادى قرآن: در این بحث به برنامه های عبادی قرآن اعم از برنامه هاى فردى و اجتماعى اشاره می شود.
9. احکام فردى قرآن
10. احکام اجتماعى قرآن: در مقدمه این بخش، جامعه و تاریخ از دیدگاه قرآن مورد بحث قرار مى گیرد.
بنابراین، معارف قرآن از نقطه آغاز هستى شروع مى شود و به ترتیب مراحل خلق و تدبیر را با حفظ محوریت «اللّه» برمى رسد، و سرانجام با بیان ویژگى هاى جامعه آرمانى انسان ختم مى گردد.
گفتنی است سه بخش نخست مجموعه معارف قرآن، یعنی «خداشناسی»، «کیهان شناسی» و «انسان شناسی»، و بخش هفتم، یعنی «اخلاق در قرآن» در مجموعه آثار حضرت استاد با عنوان «مشکات» نیز به چاپ رسیده است.